1668年生于巴黎，父亲是在巴黎圣-热尔韦（Saint-Gervais）教堂担任管风琴师的夏尔·库普兰。他跟随父亲学习管风琴直到12岁时父亲去世。德拉兰德（Michel-Richard Delalande）继承了他父亲的位置。弗朗索瓦·库普兰跟随雅克·托梅兰学艺并开始代理德拉朗德演奏，18岁时教区行政团指定弗朗索瓦·库普兰继承父业，担任教堂管风琴师。1693年托梅兰去世，弗朗索瓦·库普兰接替他成为凡尔赛宫皇家教堂管风琴师，称“国王的管风琴师”（organiste du Roi）。次年成为王室成员的羽管键琴教师。1702年受封为“罗马骑士”并获得“拉特朗骑士勋章”，称“德·库普兰骑士”。1717年获得“国王室内乐团”羽管键琴师的职位（ordinaire de la musique de la chambre du Roi）。

弗朗索瓦·库普兰早婚，长女玛丽·玛德琳（Marie-Madeleine，1690年-1742年）加入了宗教团体，同时也是位业余的管风琴演奏者；次女玛格丽特·安托瓦内特（Marguerite-Antoinette，1705年-1778年）成为音乐家，1730年继承父位成为“国王室内乐团”羽管键琴师；还有一子弗朗索瓦·洛朗（François-Laurent）。1733年，弗朗索瓦·库普兰将巴黎圣-热尔韦教堂管风琴师的职位传给侄子尼古拉。同年9月12日，弗朗索瓦·库普兰在巴黎去世，葬于圣-欧斯塔什教区的圣约瑟教堂。